日本公司在深圳注冊，需要準(zhǔn)備相關(guān)的材料和費用，并按照以下步驟進(jìn)行操作。

首先，需要選擇一個公司名稱，進(jìn)行核名。核名可以通過互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行申請，無需支付費用。但需要注意的是，公司名稱應(yīng)當(dāng)符合相關(guān)規(guī)定，具有獨特性和合法性。

其次，需要準(zhǔn)備公司章程。公司章程是公司的法律基礎(chǔ)，需要明確公司的業(yè)務(wù)范圍、組織架構(gòu)、管理制度等內(nèi)容，并在法律規(guī)定下進(jìn)行制定。

接下來，需要提供法人股東資格證明或者自然人股東身份證及其復(fù)印件。如公司注冊代理人需要提供身份證及其復(fù)印件。

在準(zhǔn)備好以上材料之后，現(xiàn)場到深圳市工商局進(jìn)行登記，領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照、組織機構(gòu)代碼證等相關(guān)證件。注冊公司還需要進(jìn)行商務(wù)掛靠地址的選擇，商務(wù)掛靠地址一般需要年付費用900元起。同時，需要進(jìn)行印章刻制，印章刻制可以在工商局的附近店家處完成，費用為200-500元左右。

注冊公司之后，需要進(jìn)行做賬報稅的工作。做賬報稅的費用不同公司有所不同，一般小規(guī)模公司年費用在2000元左右，一般納稅人記賬報稅一年差不多是5000-6000元。如果需要開具發(fā)票或經(jīng)常外出處理事務(wù)，價格會更高。

此外，注冊公司還需要去銀行開戶。去銀行開戶不收取費用，但找代辦公司幫忙代辦需要支付跑腿費。銀行每年會收取賬戶管理費，不同銀行定價標(biāo)準(zhǔn)不一樣，一般為數(shù)百元。

需要注意的是，如果公司不再運營，需要進(jìn)行注銷，同時注銷銀行賬戶，以免產(chǎn)生欠費。

綜上所述，注冊日本公司在深圳并不復(fù)雜，但需要準(zhǔn)備相關(guān)的材料和費用，按照步驟進(jìn)行操作即可。